Я. Н. Щапов родился 6 мая 1928 г. в семье видного ученого гидротехника профессора Н. М. Щапова. В семье бережно сохранялись предметы прошлого, портреты предков XVIII в. Сейчас они составили основу коллекции Музея в усадьбе Щапово, открытого трудами Ярослава Николаевича в 1998 г.
В 1952 г., после окончания Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова, Я. Н. Щапов пришел работать в Отдел рукописей Государственной библиотеки имени В. И. Ленина (ныне Научно-исследовательский отдел рукописей Российской государственной библиотеки), где под руководством И. М. Кудрявцева составлял описания рукописных книг, поступивших в Отдел рукописей из Вологды, Великого Устюга и других мест1. В 1959 г. вышло подготовленное Я. Н. Щаповым описание рукописного собрания И. Я. Лукашевича и Н. А. Маркевича.. Молодой историк принимал участие в первых археографических экспедициях в Горьковскую область, центр старообрядческой книжности. Я. Н. Щапов участвовал в экспедициях Отдела рукописей ГБЛ и позднее, будучи сотрудником Института истории АН СССР (с 1957 г.) (ныне Институт российской истории РАН).
Одной из тем занятий историка стало изучение восточнославянских рукописей, хранящихся в Париже, Штутгарте, Мюнхене, Риме, Ватикане, Загребе, Белграде, Будапеште, Бухаресте, Иерусалиме и Синае. Далеко не все результаты этих работ опубликованы5. Особое значение имело изучение Я. Н. Щаповым коллекций восточнославянских рукописей Польши, описанных им в 2-х томном каталоге.. В собраниях Польши отложились книги и документы Киевской митрополии, которые и сегодня мало известны отечественным историкам. В результате этой работы удалось выявить рукописи из собрания полоцкого Софийского собора8 и частично восстановить состав книг Академии Замойской, опубликовать ряд новых документов по истории Киевской митрополии, выявить комплекс памятников, связанных с Туровской епархией. Историк издал также обзор греческих рукописей в собраниях Варшавы и Кракова. В докладе на IX Международном съезде славистов в 1983 г. Я.Н. Щапов подвел итоги изучения восточнославянских рукописей в хранилищах Европы и Северной Америки и предложил программу их использования как исторических источников.
Ученый проделал значительную работу по изучению, выявлению и систематизации древнерусских княжеских уставов — памятников, определивших как систему материального обеспечения Русской Церкви, так и область церковного суда. Публикация этих уставов стала классической работой, без которой невозможно ни одно исследование по истории Церкви в Древней Руси. В обобщающей монографии «Государство и Церковь Древней Руси XI–XIII вв.» (М., 1989) историк исследовал такие церковные институты, как десятина, клирос, архимандрития, княжеские монастыри, выделил этапы создания епархий в Древней Руси. Особое внимание было уделено особенностям церковного суда и существовавшей системе денежных штрафов, а также участию духовенства в политической жизни общества.
Особое место в работах Я. Н. Щапова занимает изучение Кормчих книг — древнерусских сводов, вместивших в себя каноническую традицию Церкви. В его трудах получили продолжение традиции русской канонической школы, представителями которой были такие известные исследователи, как А. С. Павлов и В. Н. Бенешевич. В 1975 г. Я. Н. Щапов защитил докторскую диссертацию, ставшую основой фундаментального исследования «Византийское и южнославянское правовое наследие на Руси в XI–XIII вв.» (М., 1978). Историк изучил и составил описание 180 списков Кормчих, хранящихся в отечественных и зарубежных архивах. Ученый делал выводы о взаимоотношениях списков и на основании изучения состава Кормчих, и на основании изучения их палеографических особенностей. Эта работа позволила дать аргументированные схемы взаимоотношения рукописей трех основных редакций славянской Кормчей: древнеславянской, сербской и русской. Исследование Я. Н. Щапова остается главным справочником для всех историков и лингвистов, занимающихся изучением славянских канонических памятников. В 1987 г. под руководством Я. Н. Щапова при участии Ю. К. Бегунова и И. С. Чичурова было завершено издание 2-го тома «Древнеславянской Кормчей» (София, 1987) — неоконченного труда В. Н. Бенешевича. Под руководством Я. Н. Щапова было подготовлено издание Мазуринской Кормчей. В 1987 г. Ярослав Николаевич был избран членом-корреспондентом Академии наук.
Я.Н. Щапов внес весомый вклад в изучение светских византийских памятников права, вошедших в древнерусскую традицию: новелл Юстиниана, Прохирона и Эклоги. Совместно с профессором Л. Бургманом подготовил новое издание славянских и греческих текстов Эклоги.
Особое значение для русской науки имеет деятельность Я.Н. Щапова по созданию научных центров для изучения истории Церкви. В 1990 г. в Институте российской истории РАН был создан Центр истории религии и Церкви, который Я.Н. Щапов возглавлял в течение 10 лет. В результате работы Центра было продолжено изучение истории Церкви и ее институтов на новом источниковедческом уровне, появились первые издания документов истории Церкви советского периода. Центром регулярно организовывались конференции по истории Церкви с участием представителей Русской Православной Церкви, в Центре были подготовлены и защищены диссертации по истории Церкви.
Я.Н. Щапов явился основателем нового издания «Церковь в истории России», выходящего с 1997 г. При участии историка был создан Научный совет РАН «Роль религий в истории», который он возглавил. В 2003–2007 гг. Я. Н. Щапов возглавлял Императорское православное Палестинское общество.
Я.Н. Щапов стоял у истоков восстановления единства церковной и светской исторической науки. В начале 1990-х гг. его трудами был сформирован коллектив ученых РАН, принявших участие в подготовке нового комментированного издания «Истории Русской Церкви» митрополита Макария (Булгакова). Я.Н. Щапов — первый председатель экспертного совета возрожденной премии памяти митрополита Макария (Булгакова), один из инициаторов издания фундаментальной «Православной энциклопедии», член ее научно-редакционного совета.
Перечень научных трудов ученого насчитывает свыше 300 монографий, статей, публикаций. Их объединяет тщательность проработки источника, внимательность к тексту, новые темы и подходы.
Отпевание состоится в Елоховском соборе в субботу 3 сентября 2011 г. в 10 часов, затем пройдет гражданская панихида в здании Президиума РАН (Ленинский проспект, 32)
